2011-05-04

Bioinformatics

• Velvet 安裝紀錄(2009-11-11)
• 測試 Velvet 1.1.03 (支援 OpenMP）
• 系統：Debian Squeeze

  ~$ sudo apt-get update; sudo apt-get upgrade; sudo apt-get dist-upgrade
  ~$ sudo apt-get install build-essential 
  ~$ wget http://www.ebi.ac.uk/~zerbino/velvet/velvet_1.1.03.tgz
  ~$ tar zxvf velvet_1.1.03.tgz
  ~$ cd velvet_1.1.03
  ~/velvet_1.1.03$ make
  ~/velvet_1.1.03$ ./velveth output 17 -fasta -short data/test_long.fa
  ~/velvet_1.1.03$ ./velvetg output/ -exp_cov 3 -min_contig_lgth 100
  

• 使用 ​valgrind 來進行記憶體分析 - (1) Memory Leak 分析

  ~/velvet_1.1.03$ sudo apt-get install valgrind
  ~/velvet_1.1.03$ valgrind -v --leak-check=full --show-reachable=yes --read-var-info=yes ./velveth output 17 -fasta -short data/test_long.fa 2> velveth.log
  ~/velvet_1.1.03$ valgrind -v --leak-check=full --show-reachable=yes --read-var-info=yes ./velvetg output/ -exp_cov 3 -min_contig_lgth 100 2> velvetg.log
  

• 使用 ​valgrind 的 ​Massif 工具來進行記憶體分析 - (2) Memory Usage 分析
• Valgrind's skin Massif ('valgrind --tool=massif application') traces memory usage of the application.​參考#1

  ~/velvet_1.1.03$ valgrind --tool=massif ./velveth output 17 -fasta -short data/test_long.fa
  ~/velvet_1.1.03$ ms_print massif.out.10571
  ~/velvet_1.1.03$ valgrind --tool=massif ./velvetg output/ -exp_cov 3 -min_contig_lgth 100
  ~/velvet_1.1.03$ ms_print massif.out.10561
  

  --------------------------------------------------------------------------------
  Command:            ./velveth output 17 -fasta -short data/test_long.fa
  Massif arguments:   (none)
  ms_print arguments: massif.out.10571
  --------------------------------------------------------------------------------
  
  
      MB
  66.60^                                                             @@@@@@@@@@#
       |        :@:::::::::@:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::@         #
       |        :@:::: ::::@     :       :         :                 @         #
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       |        :@:::: ::::@     :       :         :                 @         #
       |        :@:::: ::::@     :       :         :                 @         #
       |        :@:::: ::::@     :       :         :                 @         #
       |        :@:::: ::::@     :       :         :                 @         #
       |        :@:::: ::::@     :       :         :                 @         #
       |        :@:::: ::::@     :       :         :                 @         #
       |        :@:::: ::::@     :       :         :                 @         #
       |        :@:::: ::::@     :       :         :                 @         #
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       |        :@:::: ::::@     :       :         :                 @         #
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       |        :@:::: ::::@     :       :         :                 @         #
       |        :@:::: ::::@     :       :         :                 @         #
       |        :@:::: ::::@     :       :         :                 @         #
     0 +----------------------------------------------------------------------->Mi
       0                                                                   120.8
  
  Number of snapshots: 71
   Detailed snapshots: [2, 4, 57, 67, 68 (peak)]
  
  --------------------------------------------------------------------------------
    n        time(i)         total(B)   useful-heap(B) extra-heap(B)    stacks(B)
  --------------------------------------------------------------------------------
    0              0                0                0             0            0
    1        201,656           34,224           34,099           125            0
    2     14,964,257           33,864           33,747           117            0
  

• 使用 gprof 進行 profile 分析

  ~/velvet_1.1.03$ cat Makefile | sed "s#^CFLAG.*#CFLAGS = -Wall -pg#" > 
  ~/velvet_1.1.03$ mv Makefile.new Makefile
  ~/velvet_1.1.03$ make
  ~/velvet_1.1.03$ ./velveth output 17 -fasta -short data/test_long.fa
  ~/velvet_1.1.03$ du -sh gmon.out 
  56K	gmon.out
  ~/velvet_1.1.03$ ./velvetg output/ -exp_cov 3 -min_contig_lgth 100
  ~/velvet_1.1.03$ du -sh gmon.out 
  152K	gmon.out
  

• 使用 ​gprof2dot 把 gprof log 轉成 graphviz 的 dot 格式，就可以畫出圖形了。

  ~/velvet_1.1.03$ sudo apt-get install graphviz python
  ~/velvet_1.1.03$ wget http://gprof2dot.jrfonseca.googlecode.com/hg/gprof2dot.py
  ~/velvet_1.1.03$ chmod a+x gprof2dot.py
  ~/velvet_1.1.03$ gprof velveth | ./gprof2dot.py | dot -Tpng -o velveth.png
  ~/velvet_1.1.03$ gprof velvetg | ./gprof2dot.py | dot -Tpng -o velvetg.png
  

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