jazz/11-05-04: velveth.log

File velveth.log, 25.1 KB (added by jazz, 13 years ago)
Line 
1Flat profile:
2
3Each sample counts as 0.01 seconds.
4  %   cumulative   self              self     total           
5 time   seconds   seconds    calls  ms/call  ms/call  name   
6  1.85      0.01     0.01    27930     0.00     0.00  main
7  1.85      0.02     0.01                             computeClearHSPs
8  0.00      0.02     0.00    70399     0.00     0.00  getNucleotideChar
9  0.00      0.02     0.00    70399     0.00     0.00  writeNucleotideAtPosition
10  0.00      0.02     0.00    69807     0.00     0.00  setTightStringLength
11  0.00      0.02     0.00    32510     0.00     0.00  printUsage
12  0.00      0.02     0.00     4000     0.00     0.00  getNucleotide
13  0.00      0.02     0.00     3514     0.00     0.00  _fini
14  0.00      0.02     0.00     2607     0.00     0.00  deflate
15  0.00      0.02     0.00     1190     0.00     0.00  deflateInit_
16  0.00      0.02     0.00     1186     0.00     0.00  _tr_tally
17  0.00      0.02     0.00     1118     0.00     0.00  deflateInit2_
18  0.00      0.02     0.00      819     0.00     0.00  deflateBound
19  0.00      0.02     0.00      578     0.00     0.00  newTightString
20  0.00      0.02     0.00      574     0.00     0.00  findInTree
21  0.00      0.02     0.00      305     0.00     0.00  printAnnotations
22  0.00      0.02     0.00      299     0.00     0.00  deflate_stored
23  0.00      0.02     0.00      297     0.00     0.00  newReadSet
24  0.00      0.02     0.00      287     0.00     0.00  importReadSet
25  0.00      0.02     0.00        8     0.00     0.09  deflate_fast
26  0.00      0.02     0.00        7     0.00     0.00  readFastAFile
27  0.00      0.02     0.00        6     0.00     0.68  inflate
28  0.00      0.02     0.00        3     0.00     0.00  allocatePointer
29  0.00      0.02     0.00        2     0.00     0.41  build_tree
30  0.00      0.02     0.00        2     0.00     1.80  inflate_table
31  0.00      0.02     0.00        2     0.00     0.00  insertIntoTree
32  0.00      0.02     0.00        2     0.00     0.00  readFastAGZFile
33  0.00      0.02     0.00        1     0.00     0.82  destroyReadSet
34  0.00      0.02     0.00        1     0.00     0.00  findOrInsertOccurenceInSplayTree
35  0.00      0.02     0.00        1     0.00     2.09  inflateBack
36  0.00      0.02     0.00        1     0.00     0.00  inputSequenceArrayIntoSplayTableAndArchive
37  0.00      0.02     0.00        1     0.00     0.00  newTightStringArrayFromStringArray
38
39 %         the percentage of the total running time of the
40time       program used by this function.
41
42cumulative a running sum of the number of seconds accounted
43 seconds   for by this function and those listed above it.
44
45 self      the number of seconds accounted for by this
46seconds    function alone.  This is the major sort for this
47           listing.
48
49calls      the number of times this function was invoked, if
50           this function is profiled, else blank.
51 
52 self      the average number of milliseconds spent in this
53ms/call    function per call, if this function is profiled,
54     else blank.
55
56 total     the average number of milliseconds spent in this
57ms/call    function and its descendents per call, if this
58     function is profiled, else blank.
59
60name       the name of the function.  This is the minor sort
61           for this listing. The index shows the location of
62     the function in the gprof listing. If the index is
63     in parenthesis it shows where it would appear in
64     the gprof listing if it were to be printed.
65
66         Call graph (explanation follows)
67
68
69granularity: each sample hit covers 4 byte(s) for 50.00% of 0.02 seconds
70
71index % time    self  children    called     name
72                0.00    0.00       1/27930       adler32 [23]
73                0.00    0.00       1/27930       deflateCopy [24]
74                0.00    0.00       1/27930       deflate <cycle 1> [22]
75                0.00    0.00    1783/27930       inflate_table [4]
76                0.00    0.00    1784/27930       build_tree [12]
77                0.00    0.00    2100/27930       deflate_fast [14]
78                0.00    0.00    2376/27930       compress_block [11]
79                0.00    0.00    5841/27930       inflateBack [9]
80                0.00    0.00    6259/27930       _fini <cycle 1> [8]
81                0.00    0.00    7784/27930       inflate [3]
82[1]     50.0    0.01    0.00   27930         main [1]
83-----------------------------------------------
84                                                 <spontaneous>
85[2]     50.0    0.01    0.00                 computeClearHSPs [2]
86-----------------------------------------------
87                                 871             inflate [3]
88                0.00    0.00       1/6           crc32 [6]
89                0.00    0.00       1/6           inflate_table [4]
90                0.00    0.00       2/6           adler32_combine [5]
91                0.00    0.00       2/6           compress [10]
92[3]     20.3    0.00    0.00       6+871     inflate [3]
93                0.00    0.00    7784/27930       main [1]
94                0.00    0.00     525/2250        deflate <cycle 1> [22]
95                0.00    0.00     297/2250        deflateInit_ <cycle 1> [30]
96                0.00    0.00     226/2250        deflateInit2_ <cycle 1> [31]
97                0.00    0.00       1/2250        deflate_stored <cycle 1> [36]
98                0.00    0.00   70399/70399       getNucleotideChar [25]
99                0.00    0.00   65807/69807       setTightStringLength [27]
100                0.00    0.00    6745/32510       printUsage [28]
101                0.00    0.00     574/574         findInTree [34]
102                0.00    0.00     297/305         printAnnotations [35]
103                0.00    0.00     287/287         importReadSet [38]
104                0.00    0.00     287/578         newTightString [33]
105                                 871             inflate [3]
106-----------------------------------------------
107                0.00    0.00       1/2           adler32_combine [5]
108                0.00    0.00       1/2           crc32 [6]
109[4]     18.0    0.00    0.00       2         inflate_table [4]
110                0.00    0.00       1/1           inflateBack [9]
111                0.00    0.00       1/6           inflate [3]
112                0.00    0.00    1783/27930       main [1]
113                0.00    0.00       2/8           deflate_fast [14]
114                0.00    0.00    2984/32510       printUsage [28]
115-----------------------------------------------
116                                                 <spontaneous>
117[5]     17.8    0.00    0.00                 adler32_combine [5]
118                0.00    0.00       1/2           inflate_table [4]
119                0.00    0.00       2/6           inflate [3]
120                0.00    0.00       1/2           build_tree [12]
121-----------------------------------------------
122                                                 <spontaneous>
123[6]     16.5    0.00    0.00                 crc32 [6]
124                0.00    0.00       1/2           inflate_table [4]
125                0.00    0.00       1/1           destroyReadSet [13]
126                0.00    0.00       1/6           inflate [3]
127                0.00    0.00       1/2250        _fini <cycle 1> [8]
128-----------------------------------------------
129[7]     13.7    0.00    0.00    2250+6480    <cycle 1 as a whole> [7]
130                0.00    0.00    3514+613         _fini <cycle 1> [8]
131                0.00    0.00    2607             deflate <cycle 1> [22]
132                0.00    0.00    1190             deflateInit_ <cycle 1> [30]
133                0.00    0.00    1118             deflateInit2_ <cycle 1> [31]
134                0.00    0.00     299             deflate_stored <cycle 1> [36]
135                0.00    0.00       2             insertIntoTree <cycle 1> [41]
136-----------------------------------------------
137                                 613             _fini <cycle 1> [8]
138                                   1             insertIntoTree <cycle 1> [41]
139                                   4             deflate <cycle 1> [22]
140                                 299             deflate_stored <cycle 1> [36]
141                                 820             deflateInit2_ <cycle 1> [31]
142                                1190             deflateInit_ <cycle 1> [30]
143                0.00    0.00       1/2250        getSequenceLengths [19]
144                0.00    0.00       1/2250        resetKeyFilter [21]
145                0.00    0.00       1/2250        newKmerOccurenceTable [20]
146                0.00    0.00       1/2250        crc32 [6]
147                0.00    0.00       2/2250        findOrInsertOccurenceInSplayTree [17]
148                0.00    0.00       3/2250        compress2 [16]
149                0.00    0.00     594/2250        velvetLog [15]
150                0.00    0.00     597/2250        destroyReadSet [13]
151[8]     13.7    0.00    0.00    3514+613     _fini <cycle 1> [8]
152                0.00    0.00    6259/27930       main [1]
153                0.00    0.00       1/2           build_tree [12]
154                0.00    0.00       1/8           deflate_fast [14]
155                0.00    0.00    4000/4000        getNucleotide [29]
156                0.00    0.00    4000/69807       setTightStringLength [27]
157                0.00    0.00    2985/32510       printUsage [28]
158                0.00    0.00       4/578         newTightString [33]
159                0.00    0.00       1/305         printAnnotations [35]
160                0.00    0.00       1/1           newTightStringArrayFromStringArray [44]
161                                2082             deflate <cycle 1> [22]
162                                 892             deflateInit2_ <cycle 1> [31]
163                                 594             deflateInit_ <cycle 1> [30]
164                                 298             deflate_stored <cycle 1> [36]
165                                   1             insertIntoTree <cycle 1> [41]
166                                 613             _fini <cycle 1> [8]
167-----------------------------------------------
168                0.00    0.00       1/1           inflate_table [4]
169[9]     10.5    0.00    0.00       1         inflateBack [9]
170                0.00    0.00    5841/27930       main [1]
171                0.00    0.00    3171/32510       printUsage [28]
172-----------------------------------------------
173                                                 <spontaneous>
174[10]     7.3    0.00    0.00                 compress [10]
175                0.00    0.00       2/6           inflate [3]
176                0.00    0.00       1/8           deflate_fast [14]
177-----------------------------------------------
178                                                 <spontaneous>
179[11]     4.3    0.00    0.00                 compress_block [11]
180                0.00    0.00    2376/27930       main [1]
181                0.00    0.00    4752/32510       printUsage [28]
182-----------------------------------------------
183                0.00    0.00       1/2           adler32_combine [5]
184                0.00    0.00       1/2           _fini <cycle 1> [8]
185[12]     4.1    0.00    0.00       2         build_tree [12]
186                0.00    0.00    1784/27930       main [1]
187                0.00    0.00       2/8           deflate_fast [14]
188                0.00    0.00    1192/32510       printUsage [28]
189                0.00    0.00    1186/1186        _tr_tally [173]
190-----------------------------------------------
191                0.00    0.00       1/1           crc32 [6]
192[13]     4.1    0.00    0.00       1         destroyReadSet [13]
193                0.00    0.00     597/2250        _fini <cycle 1> [8]
194                0.00    0.00       1/8           deflate_fast [14]
195                0.00    0.00     297/297         newReadSet [37]
196-----------------------------------------------
197                0.00    0.00       1/8           destroyReadSet [13]
198                0.00    0.00       1/8           compress2 [16]
199                0.00    0.00       1/8           compress [10]
200                0.00    0.00       1/8           _fini <cycle 1> [8]
201                0.00    0.00       2/8           inflate_table [4]
202                0.00    0.00       2/8           build_tree [12]
203[14]     3.8    0.00    0.00       8         deflate_fast [14]
204                0.00    0.00    2100/27930       main [1]
205                0.00    0.00    8309/32510       printUsage [28]
206                0.00    0.00       7/305         printAnnotations [35]
207                0.00    0.00       7/7           readFastAFile [39]
208-----------------------------------------------
209                                                 <spontaneous>
210[15]     3.6    0.00    0.00                 velvetLog [15]
211                0.00    0.00     594/2250        _fini <cycle 1> [8]
212-----------------------------------------------
213                                                 <spontaneous>
214[16]     0.5    0.00    0.00                 compress2 [16]
215                0.00    0.00       1/8           deflate_fast [14]
216                0.00    0.00       3/2250        _fini <cycle 1> [8]
217                0.00    0.00       1/2250        insertIntoTree <cycle 1> [41]
218-----------------------------------------------
219                0.00    0.00       1/1           createReadPairingArray [18]
220[17]     0.0    0.00    0.00       1         findOrInsertOccurenceInSplayTree [17]
221                0.00    0.00       2/2250        _fini <cycle 1> [8]
222-----------------------------------------------
223                                                 <spontaneous>
224[18]     0.0    0.00    0.00                 createReadPairingArray [18]
225                0.00    0.00       1/1           findOrInsertOccurenceInSplayTree [17]
226-----------------------------------------------
227                                                 <spontaneous>
228[19]     0.0    0.00    0.00                 getSequenceLengths [19]
229                0.00    0.00       1/2250        _fini <cycle 1> [8]
230                0.00    0.00       1/1           inputSequenceArrayIntoSplayTableAndArchive [43]
231-----------------------------------------------
232                                                 <spontaneous>
233[20]     0.0    0.00    0.00                 newKmerOccurenceTable [20]
234                0.00    0.00       1/2250        _fini <cycle 1> [8]
235-----------------------------------------------
236                                                 <spontaneous>
237[21]     0.0    0.00    0.00                 resetKeyFilter [21]
238                0.00    0.00       1/2250        _fini <cycle 1> [8]
239-----------------------------------------------
240                                2082             _fini <cycle 1> [8]
241                0.00    0.00     525/2250        inflate [3]
242[22]     0.0    0.00    0.00    2607         deflate <cycle 1> [22]
243                0.00    0.00       1/27930       main [1]
244                0.00    0.00       1/2           readFastAGZFile [42]
245                                 299             deflateInit_ <cycle 1> [30]
246                                   4             _fini <cycle 1> [8]
247-----------------------------------------------
248                                                 <spontaneous>
249[23]     0.0    0.00    0.00                 adler32 [23]
250                0.00    0.00       1/27930       main [1]
251                0.00    0.00       3/3           allocatePointer [40]
252-----------------------------------------------
253                                                 <spontaneous>
254[24]     0.0    0.00    0.00                 deflateCopy [24]
255                0.00    0.00       1/27930       main [1]
256-----------------------------------------------
257                0.00    0.00   70399/70399       inflate [3]
258[25]     0.0    0.00    0.00   70399         getNucleotideChar [25]
259-----------------------------------------------
260                0.00    0.00    4879/70399       importReadSet [38]
261                0.00    0.00   65520/70399       findReferenceCoordinate [82]
262[26]     0.0    0.00    0.00   70399         writeNucleotideAtPosition [26]
263-----------------------------------------------
264                0.00    0.00    4000/69807       _fini <cycle 1> [8]
265                0.00    0.00   65807/69807       inflate [3]
266[27]     0.0    0.00    0.00   69807         setTightStringLength [27]
267-----------------------------------------------
268                0.00    0.00    1192/32510       build_tree [12]
269                0.00    0.00    2372/32510       _tr_tally [173]
270                0.00    0.00    2984/32510       inflate_table [4]
271                0.00    0.00    2985/32510       _fini <cycle 1> [8]
272                0.00    0.00    3171/32510       inflateBack [9]
273                0.00    0.00    4752/32510       compress_block [11]
274                0.00    0.00    6745/32510       inflate [3]
275                0.00    0.00    8309/32510       deflate_fast [14]
276[28]     0.0    0.00    0.00   32510         printUsage [28]
277-----------------------------------------------
278                0.00    0.00    4000/4000        _fini <cycle 1> [8]
279[29]     0.0    0.00    0.00    4000         getNucleotide [29]
280-----------------------------------------------
281                                 299             deflate <cycle 1> [22]
282                                 594             _fini <cycle 1> [8]
283                0.00    0.00     297/2250        inflate [3]
284[30]     0.0    0.00    0.00    1190         deflateInit_ <cycle 1> [30]
285                                1190             _fini <cycle 1> [8]
286-----------------------------------------------
287                                 892             _fini <cycle 1> [8]
288                0.00    0.00     226/2250        inflate [3]
289[31]     0.0    0.00    0.00    1118         deflateInit2_ <cycle 1> [31]
290                0.00    0.00     819/819         deflateBound [32]
291                                 820             _fini <cycle 1> [8]
292-----------------------------------------------
293                0.00    0.00     819/819         deflateInit2_ <cycle 1> [31]
294[32]     0.0    0.00    0.00     819         deflateBound [32]
295-----------------------------------------------
296                0.00    0.00       4/578         _fini <cycle 1> [8]
297                0.00    0.00     287/578         importReadSet [38]
298                0.00    0.00     287/578         inflate [3]
299[33]     0.0    0.00    0.00     578         newTightString [33]
300-----------------------------------------------
301                0.00    0.00     574/574         inflate [3]
302[34]     0.0    0.00    0.00     574         findInTree [34]
303-----------------------------------------------
304                0.00    0.00       1/305         _fini <cycle 1> [8]
305                0.00    0.00       7/305         deflate_fast [14]
306                0.00    0.00     297/305         inflate [3]
307[35]     0.0    0.00    0.00     305         printAnnotations [35]
308-----------------------------------------------
309                                 298             _fini <cycle 1> [8]
310                0.00    0.00       1/2250        inflate [3]
311[36]     0.0    0.00    0.00     299         deflate_stored <cycle 1> [36]
312                                 299             _fini <cycle 1> [8]
313-----------------------------------------------
314                0.00    0.00     297/297         destroyReadSet [13]
315[37]     0.0    0.00    0.00     297         newReadSet [37]
316-----------------------------------------------
317                0.00    0.00     287/287         inflate [3]
318[38]     0.0    0.00    0.00     287         importReadSet [38]
319                0.00    0.00    4879/70399       writeNucleotideAtPosition [26]
320                0.00    0.00     287/578         newTightString [33]
321-----------------------------------------------
322                0.00    0.00       7/7           deflate_fast [14]
323[39]     0.0    0.00    0.00       7         readFastAFile [39]
324-----------------------------------------------
325                0.00    0.00       3/3           adler32 [23]
326[40]     0.0    0.00    0.00       3         allocatePointer [40]
327-----------------------------------------------
328                                   1             _fini <cycle 1> [8]
329                0.00    0.00       1/2250        compress2 [16]
330[41]     0.0    0.00    0.00       2         insertIntoTree <cycle 1> [41]
331                                   1             _fini <cycle 1> [8]
332-----------------------------------------------
333                0.00    0.00       1/2           flush_pending [83]
334                0.00    0.00       1/2           deflate <cycle 1> [22]
335[42]     0.0    0.00    0.00       2         readFastAGZFile [42]
336-----------------------------------------------
337                0.00    0.00       1/1           getSequenceLengths [19]
338[43]     0.0    0.00    0.00       1         inputSequenceArrayIntoSplayTableAndArchive [43]
339-----------------------------------------------
340                0.00    0.00       1/1           _fini <cycle 1> [8]
341[44]     0.0    0.00    0.00       1         newTightStringArrayFromStringArray [44]
342-----------------------------------------------
343                0.00    0.00    1186/1186        build_tree [12]
344[173]    0.0    0.00    0.00    1186         _tr_tally [173]
345                0.00    0.00    2372/32510       printUsage [28]
346-----------------------------------------------
347
348 This table describes the call tree of the program, and was sorted by
349 the total amount of time spent in each function and its children.
350
351 Each entry in this table consists of several lines.  The line with the
352 index number at the left hand margin lists the current function.
353 The lines above it list the functions that called this function,
354 and the lines below it list the functions this one called.
355 This line lists:
356     index  A unique number given to each element of the table.
357    Index numbers are sorted numerically.
358    The index number is printed next to every function name so
359    it is easier to look up where the function in the table.
360
361     % time This is the percentage of the `total' time that was spent
362    in this function and its children.  Note that due to
363    different viewpoints, functions excluded by options, etc,
364    these numbers will NOT add up to 100%.
365
366     self This is the total amount of time spent in this function.
367
368     children This is the total amount of time propagated into this
369    function by its children.
370
371     called This is the number of times the function was called.
372    If the function called itself recursively, the number
373    only includes non-recursive calls, and is followed by
374    a `+' and the number of recursive calls.
375
376     name The name of the current function.  The index number is
377    printed after it.  If the function is a member of a
378    cycle, the cycle number is printed between the
379    function's name and the index number.
380
381
382 For the function's parents, the fields have the following meanings:
383
384     self This is the amount of time that was propagated directly
385    from the function into this parent.
386
387     children This is the amount of time that was propagated from
388    the function's children into this parent.
389
390     called This is the number of times this parent called the
391    function `/' the total number of times the function
392    was called.  Recursive calls to the function are not
393    included in the number after the `/'.
394
395     name This is the name of the parent.  The parent's index
396    number is printed after it.  If the parent is a
397    member of a cycle, the cycle number is printed between
398    the name and the index number.
399
400 If the parents of the function cannot be determined, the word
401 `<spontaneous>' is printed in the `name' field, and all the other
402 fields are blank.
403
404 For the function's children, the fields have the following meanings:
405
406     self This is the amount of time that was propagated directly
407    from the child into the function.
408
409     children This is the amount of time that was propagated from the
410    child's children to the function.
411
412     called This is the number of times the function called
413    this child `/' the total number of times the child
414    was called.  Recursive calls by the child are not
415    listed in the number after the `/'.
416
417     name This is the name of the child.  The child's index
418    number is printed after it.  If the child is a
419    member of a cycle, the cycle number is printed
420    between the name and the index number.
421
422 If there are any cycles (circles) in the call graph, there is an
423 entry for the cycle-as-a-whole.  This entry shows who called the
424 cycle (as parents) and the members of the cycle (as children.)
425 The `+' recursive calls entry shows the number of function calls that
426 were internal to the cycle, and the calls entry for each member shows,
427 for that member, how many times it was called from other members of
428 the cycle.
429
430
431Index by function name
432
433   [8] _fini                  [13] destroyReadSet          [1] main
434 [173] _tr_tally              [34] findInTree             [37] newReadSet
435  [40] allocatePointer        [17] findOrInsertOccurenceInSplayTree [33] newTightString
436  [12] build_tree             [29] getNucleotide          [44] newTightStringArrayFromStringArray
437   [2] computeClearHSPs       [25] getNucleotideChar      [35] printAnnotations
438  [22] deflate                [38] importReadSet          [28] printUsage
439  [32] deflateBound            [3] inflate                [39] readFastAFile
440  [31] deflateInit2_           [9] inflateBack            [42] readFastAGZFile
441  [30] deflateInit_            [4] inflate_table          [27] setTightStringLength
442  [14] deflate_fast           [43] inputSequenceArrayIntoSplayTableAndArchive [26] writeNucleotideAtPosition
443  [36] deflate_stored         [41] insertIntoTree          [7] <cycle 1>