2011-05-04

Bioinformatics

• Velvet 安裝紀錄(2009-11-11)
• 測試 Velvet 1.1.03 (支援 OpenMP）
• 系統：Debian Squeeze

  ~$ sudo apt-get update; sudo apt-get upgrade; sudo apt-get dist-upgrade
  ~$ sudo apt-get install build-essential 
  ~$ wget http://www.ebi.ac.uk/~zerbino/velvet/velvet_1.1.03.tgz
  ~$ tar zxvf velvet_1.1.03.tgz
  ~$ cd velvet_1.1.03
  ~/velvet_1.1.03$ cat Makefile | sed "s#^CFLAG.*#CFLAGS = -Wall -pg#" > 
  ~/velvet_1.1.03$ mv Makefile.new Makefile
  ~/velvet_1.1.03$ make
  ~/velvet_1.1.03$ ./velveth output 17 -fasta -short data/test_long.fa
  ~/velvet_1.1.03$ du -sh gmon.out 
  56K	gmon.out
  ~/velvet_1.1.03$ ./velvetg output/ -exp_cov 3 -min_contig_lgth 100
  ~/velvet_1.1.03$ du -sh gmon.out 
  152K	gmon.out