wiki:biocluster

Version 72 (modified by jazz, 15 years ago) (diff)

--

  1. 【Schedular】
  2. 【Environment】
  3. 【Software list】
    1. PART 1 : Bioinformatics related Software / Applications
    2. PART 2 : Cluster Management related Software
  4. 【Database list】
  5. 【Reference】
  6. 【Cloud Computing Related】
  7. 【Recent Changes】

【Schedular】

  1. 2009-09-09 測試資料。
  2. 2009-09-04 15:30 跟陽明視訊開會。
  3. 2009-09-11 第一階段軟體安裝。
  4. 2009-09-16 系統測試、種子學員~教學大綱。
  5. 2009-11-11 openPBS torque ~教學大綱。

【Environment】

  • OS:Ubuntu 8.04.3 LTS

【Software list】

PART 1 : Bioinformatics related Software / Applications

  1. AutoFACT
    • 缺資料庫。
  2. BLAST
    • 測試完成。已安裝版本：1:2.2.17.20070822-3。
  3. SIM4
    • 測試完成。
  4. Clustal
    • 測試完成。
  5. PipMaker
    • 已安裝。
  6. Phylip
    • 測試完成。
  7. Velvet
    • 測試完成。
  8. Bowtie
    • 測試完成。
  9. SOAP
    • 測試完成。
  10. wwwBLAST

PART 2 : Cluster Management related Software

  1. OpenPBS : torque - Ubuntu 套件:
  2. ​DRBL - 無碟開機系統
  3. ​Lustre - 硬碟合併機制
  4. Ganglia - 叢集監控系統(CPU/RAM/DISK/排程) - Debian 套件: ​ganglia-monitor, ​gmetad, ​ganglia-webfrontend
  5. ​Nagios - 網路狀態監控與事件通報系統(Ex.發簡訊SMS) - Debian 套件: ​nagios3
  6. VNC - 遠端桌面 - 需要 ​vnc-java, ​vnc-reflector, some kind of message queue (MQ)
  7. LDAP - 統一帳號管理機制
  8. Web Server - ​lighttpd 或 ​apache2
  9. zterm - Java SSH Client

【Database list】

  1. Human dbEST database
  2. Human UniGene database
  3. Protein interaction database
  4. Gene ontology database
  5. Homologene database

【Reference】

【Cloud Computing Related】

  • ​CloudBurst - a parallel read-mapping algorithm optimized for mapping next-generation sequence data to the human genome and other reference genomes, for use in a variety of biological analyses including SNP discovery, genotyping, and personal genomics.

【Recent Changes】

Mar 11, 2011

Jan 12, 2011

Aug 22, 2010

May 24, 2010

May 17, 2010

Dec 10, 2009

Nov 30, 2009

Nov 18, 2009

Nov 11, 2009

Sep 16, 2009

Sep 15, 2009

Sep 12, 2009

Sep 4, 2009