【Schedular】
- 2009-09-09 測試資料。
- 2009-09-04 15:30 跟陽明視訊開會。
- 2009-09-11 第一階段軟體安裝。
- 2009-09-16 系統測試、種子學員~教學大綱。
- 2009-11-11 openPBS torque ~教學大綱。
- 2010-05-17 bio2 叢集重新設定
- 2010-05-24 NIS, torque 調校
- 2010-05-28 安裝 Hadoop 與 CloudBurst
- 2011-01-28 用 DRBL 也可以佈署 Biopuppy - Open Source minimal Linux Operating System for Bioinformatics!
【Environment】
- OS:Ubuntu 8.04.3 LTS
【Install】
【Software list】
PART 1 : Bioinformatics related Software / Applications
- AutoFACT
- 缺資料庫。
- BLAST
- 測試完成。已安裝版本:1:2.2.17.20070822-3。
- SIM4
- 測試完成。
- Clustal
- 測試完成。
- PipMaker
- 已安裝。
- Phylip
- 測試完成。
- Velvet
- 測試完成。
- Bowtie
- 測試完成。
- SOAP
- 測試完成。
- wwwBLAST
PART 2 : Cluster Management related Software
- OpenPBS : torque - Ubuntu 套件:
- TORQUE Admin Manual
- 不希望使用者直接到 compute node 執行動作,先前民哥建議的做法是參考 prologue and epilogue for PBS - using PAM to enforce PBS node assignments,這個作法在 Torque 可能要研究一下管理手冊 附錄 G Prologue & Epilogue Scripts。
- DRBL - 無碟開機系統
- Lustre - 硬碟合併機制
- Ganglia - 叢集監控系統(CPU/RAM/DISK/排程) - Debian 套件: ganglia-monitor, gmetad, ganglia-webfrontend
- Nagios - 網路狀態監控與事件通報系統(Ex.發簡訊SMS) - Debian 套件: nagios3
- collectd - 可以跟 Nagios 結合的本機監控軟體 - Debian 套件: collectd
- scalable monitoring with collectd and nagios
- The term “monitoring” needs clarification - 確實監控分成很多種,這篇文章列舉了三種不同監控的定義
- VNC - 遠端桌面 - 需要 vnc-java, vnc-reflector, some kind of message queue (MQ)
- LDAP - 統一帳號管理機制
- 使用 Active Directory 對 Linux 用戶端進行身份驗證
- adLDAP - LDAP Authentication with PHP for Active Directory - LGPL 授權 PHP AD 整合函式庫 (參考以前當 maicl 顧問的 code @ sensor)
- Web Server - lighttpd 或 apache2
- zterm - Java SSH Client
【Database list】
- Human dbEST database
- Human UniGene database
- Protein interaction database
- Gene ontology database
- Homologene database
【Reference】
- http://www.biosino.org/~gwding/R/R-Learn/ - 一些 R 語言的學習資源 (簡體)
【Cloud Computing Related】
- CloudBurst - a parallel read-mapping algorithm optimized for mapping next-generation sequence data to the human genome and other reference genomes, for use in a variety of biological analyses including SNP discovery, genotyping, and personal genomics.
【Recent Changes】
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Last modified on Mar 11, 2011, 11:41:07 AM