wiki:biocluster

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【Schedular】

  1. 2009-09-09 測試資料。
  2. 2009-09-04 13:30 跟陽明視訊開會。
  3. 2009-09-11 第一階段軟體安裝。
  4. 2009-09-14 系統測試、種子學員教學大綱

【Environment】

  • OS:Ubuntu 8.04.3 LTS

【Software list】

PART 1 : Bioinformatics related Software / Applications

  1. AutoFACT
    • 缺資料庫。
  2. BLAST
    • 已安裝版本:1:2.2.17.20070822-3。
  3. SIM4
    • 已安裝。
  4. Clustal
    • 已安裝。
  5. PipMaker
    • 已安裝。
  6. Phylip
    • 已安裝。libx11-dev、libxaw
  7. Eland
    • 未找到安裝資訊。
  8. Velvet
    • 已安裝。
  9. Bowtie
    • 已安裝。
  10. SOAP

PART 2 : Cluster Management related Software

  1. OpenPBS : torque
  2. DRBL - 無碟開機系統
  3. Lustre - 硬碟合併機制
  4. Ganglia - 叢集監控系統(CPU/RAM/DISK/排程)
  5. VNC - 遠端桌面 - 需要 vnc-java, vnc-reflector, some kind of message queue (MQ)
  6. LDAP - 統一帳號管理機制
  7. Web Server - lighttpdapache2
  8. zterm - Java SSH Client

【Database list】

  1. Human dbEST database
  2. Human UniGene database
  3. Protein interaction database
  4. Gene ontology database
  5. Homologene database

【Recent Changes】

Mar 11, 2011

Jan 12, 2011

Aug 22, 2010

May 24, 2010

May 17, 2010

Dec 10, 2009

Nov 30, 2009

Nov 18, 2009

Nov 11, 2009

Sep 16, 2009

Sep 15, 2009

Sep 12, 2009

Sep 4, 2009