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Apr 6, 2009, 1:40:35 PM (16 years ago)

Author:

jazz

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jazz/09-04-06

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 = 2009-04-06 =
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+== Hadoop / MapReduce ==
+
+ * 關於 MapReduce:
+   * [http://developer.amazonwebservices.com/connect/entry.jspa?externalID=2297&categoryID=265 Introduction to Amazon Elastic MapReduce]
+   * [http://developer.amazonwebservices.com/connect/entry.jspa?externalID=2294&categoryID=265 Finding Similar Items with Amazon Elastic MapReduce, Python, and Hadoop Streaming] - 用 Hadoop 做相似度分析，可應用在生物資訊領域。
+   * [http://hadoop.apache.org/core/docs/current/cn/mapred_tutorial.html Hadoop Map/Reduce 教程]
+ * [http://wiki.apache.org/hadoop/AmazonEC2 Hadoop Wiki 上關於 Amazon EC2 的使用說明]
+
+ * [限制] Hadoop 0.18.3 不支援 Stream 下的數值排序 - [https://issues.apache.org/jira/browse/HADOOP-2302 Streaming should provide an option for numerical sort of keys]
 
 == Cloud Computing and Science ==
 
- * 去年在 [wiki:jazz/09-01-10 eScience 2008] 看的一些演講錄影，現在論文也已經可以在 [http://ieeexplore.ieee.org/xpl/tocresult.jsp?isnumber=4736722&isYear=2008&count=180&page=1&ResultStart=25 IEEE Xplore] 上找到了。
+ * 去年在 [wiki:jazz/09-01-10 eScience 2008] 看的一些演講錄影，現在論文也已經可以在 [http://ieeexplore.ieee.org/xpl/tocresult.jsp?isnumber=4736722 IEEE Xplore] 上找到了。
  * 這兩篇是講述將 !MapReduce 運用在生物資訊領域的實例。
    * [http://www.cs.umd.edu/Grad/scholarlypapers/papers/MichaelSchatz.pdf BlastReduce: High Performance Short Read Mapping with MapReduce]
    * [http://www.ece.rutgers.edu/~parashar/Classes/08-09/ece572/readings/cloudblast-escience-08.pdf CloudBLAST: Combining MapReduce and Virtualization on Distributed Resources for Bioinformatics Applications]
- *
+ * 跟虛擬化、生物影像、生物資訊、Mircoarray有關：
    * [http://ieeexplore.ieee.org/stamp/stamp.jsp?tp=&arnumber=4736753&isnumber=4736722 BioVLAB-Microarray: Microarray Data Analysis in Virtual Environment]
  * 有幾篇則跟 MapReduce 有關,如: [http://ieeexplore.ieee.org/stamp/stamp.jsp?tp=&arnumber=4736768&isnumber=4736722 MapReduce for Data Intensive Scientific Analyses]
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    * [http://ieeexplore.ieee.org/stamp/stamp.jsp?tp=&arnumber=4736775&isnumber=4736722 Biocep, Towards a Federative, Collaborative, User-Centric, Grid-Enabled and Cloud-Ready Computational Open Platform]
  * 此外，在 !SourceForge 上也有一些應用專案:
-   * [http://apps.sourceforge.net/mediawiki/cloudburst-bio/ CloudBurst] - [http://developer.amazonwebservices.com/connect/entry.jspa?externalID=2272&categoryID=263 Amazon 上的介紹]
-   * 
- * 關於 MapReduce:
-
+   * [http://apps.sourceforge.net/mediawiki/cloudburst-bio/ CloudBurst] - [http://developer.amazonwebservices.com/connect/entry.jspa?externalID=2272&categoryID=263 Amazon 上的 CloudBurst 專案介紹]
  * 當然我最關切的是"[http://blog.wired.com/wiredscience/2008/12/massive-amounts.html Amazon 提供公共資料庫]"的舉動對整個學術生態所造成的影響。此舉跟國網中心提供科學資料庫的定位十分相似，雖然 Amazon 在台灣區推廣有本土化方面的阻撓，但是如果真的有心朝國際化發展的話，台灣的學生應該要多學著使用這些服務，去做更大型的運算才對。[http://news.ycombinator.com/item?id=543069 這邊的討論]提供了許多參考連結。