2009-04-06

Cloud Computing and Science

• 去年在 eScience 2008 看的一些演講錄影，現在論文也已經可以在 ​IEEE Xplore 上找到了。
• 這兩篇是講述將 MapReduce 運用在生物資訊領域的實例。
  • ​BlastReduce: High Performance Short Read Mapping with MapReduce
  • ​CloudBLAST: Combining MapReduce and Virtualization on Distributed Resources for Bioinformatics Applications

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• ​BioVLAB-Microarray: Microarray Data Analysis in Virtual Environment

• 有幾篇則跟 MapReduce 有關,如: ​MapReduce for Data Intensive Scientific Analyses
• 跟虛擬化有關的
  • ​Contextualization: Providing One-Click Virtual Clusters
  • ​Characterizing User-level Network Virtualization: Performance, Overheads and Limits
• 跟生物統計 / R 相關
  • ​Biocep, Towards a Federative, Collaborative, User-Centric, Grid-Enabled and Cloud-Ready Computational Open Platform
• 此外，在 SourceForge 上也有一些應用專案:
  • ​CloudBurst - ​Amazon 上的介紹
• 關於 MapReduce:

• 當然我最關切的是"​Amazon 提供公共資料庫"的舉動對整個學術生態所造成的影響。此舉跟國網中心提供科學資料庫的定位十分相似，雖然 Amazon 在台灣區推廣有本土化方面的阻撓，但是如果真的有心朝國際化發展的話，台灣的學生應該要多學著使用這些服務，去做更大型的運算才對。​這邊的討論提供了許多參考連結。