2009-04-06
- 演講準備 - 蒐集 HPC, Cloud Computing, MapReduce 與生物資訊相關運用參考資料
- Octave as Cloud Service - Octave 是一套類似 Matlab 的自由軟體,其實這個專案的 idea 挺不錯的,教學上如果多採用 Octave 的話,就不會造成學校或實驗室在 Matlab 授權/非法侵權的問題。當然我覺得如果熟悉網頁設計跟 VNC 這個服務應該不難做出來才對。
- Elasticfox - Firefox Extension for Amazon EC2
- Debian Work-Needing and Prospective Packages - 提報 Debian 打包需求的做法
Clustering / Distributed Computing / Bioinformatics
- Dapper - The Distributed and Parallel Program Execution Runtime
- 在 SourceForge 的 Clustering Topic 軟體中,Ranking 算蠻高的。
- ProActive - Open Source middleware (OW2 consortium) for parallel, distributed, multi-core computing. - 法國的一個專案,目的似乎在簡化建立平行/分散/多核心叢集的工作
- Gridder - 基於 Globus 的 Web Service Portlet ... 跟 Grid Portal 很像 :p
- glideinWMS - The glidein based WMS
Open Source : Bioinformatics
- C++ Bio Sequence Library - C++ 版本的序列分析函式庫
- Bio-SPICE - Biological Simulation Program for Intra- and Inter-Cellular Evaluation
- 在電子電機領域,SPICE 是非常重要的一套模擬軟體。Bio-SPICE 應該是一套希望在生物方面佔有一席之地的模擬軟體。
- BioEra is DSP visual designer that can be used to create interfaces between human being and a machine with using bio signals like EEG, QEEG, HEG, EMG, ECG, GSR, EOG, visual/sound entrainment and others. - BioEra 跟腦科學應該有蠻強的關聯性,主要功能是在做訊號處理。
- NCBI Viewer - 新的官方網站 - NCBI
- 從 Bioinformatics Organization 又找到好幾個生物資訊的自由軟體專案
- Open Bioinformatics Foundation
- BioPerl
- Biopython
- BioPHP - PHP for Bioinformatics
- BioRuby - Open source bioinformatics library for Ruby
- BioJava
Hadoop / MapReduce
- 關於 MapReduce:
- Introduction to Amazon Elastic MapReduce
- Finding Similar Items with Amazon Elastic MapReduce, Python, and Hadoop Streaming - 用 Hadoop 做相似度分析,可應用在生物資訊領域。
- Hadoop MapReduce 教程
- Improving MapReduce Performance in Heterogeneous Environments - MapReduce 在異質環境下的效能改良研究
- MapReduce: Simplified Data Processing on Large Clusters - Google 的 MapReduce 論文
- Hadoop Wiki 上關於 Amazon EC2 的使用說明
- [限制] Hadoop 0.18.3 不支援 Stream 下的數值排序 - Streaming should provide an option for numerical sort of keys
Cloud Computing and Science
- 去年在 eScience 2008 看的一些演講錄影,現在論文也已經可以在 IEEE Xplore 上找到了。
- 這兩篇是講述將 MapReduce 運用在生物資訊領域的實例。
- 跟虛擬化、生物影像、生物資訊、Mircoarray有關:
- 有幾篇則跟 MapReduce 有關,如:
- 跟虛擬化有關的
- 跟生物統計 / R 相關
- 有講 Web 2.0 與生物資訊的關係
- 其他有趣的主題
- An Educator's Perspective on Cyberinfrastructure - 站在教育者的立場來看 Cyberinfrastructure,他們是如何在教室裡運用這些資源呢??
- Scalable Semantics – the Silver Lining of Cloud Computing - 純講 Cloud Computing 的商業未來
- Mobile e-Lab: A Mobile Personalized Virtual Research Computing Environment - Mobile Computing 相關
- Why Good Software Sometimes Dies – And How to Save It - 這一篇我覺得最有趣,為什麼好的軟體有時候會死掉呢?!在商業競爭的環境下,很多軟體叫好但是不叫座,往往重視行銷的'次級品'反而大行其道,佔據非常高比例的市場佔有率。
- Towards Making BOINC and EGEE Interoperable - 講述如何整合 BOINC (Desktop Grid) 與 EGEE (Service Grid) 的做法
- 此外,在 SourceForge 上也有一些應用專案:
- 當然我最關切的是"Amazon 提供公共資料庫"的舉動對整個學術生態所造成的影響。此舉跟國網中心提供科學資料庫的定位十分相似,雖然 Amazon 在台灣區推廣有本土化方面的阻撓,但是如果真的有心朝國際化發展的話,台灣的學生應該要多學著使用這些服務,去做更大型的運算才對。這邊的討論提供了許多參考連結。
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