【Reference】

1. ​http://www.ebi.ac.uk/~zerbino/velvet/

【說明】

【安裝】

   wget http://www.ebi.ac.uk/~zerbino/velvet/velvet_0.7.53.tgz
   tar zxvf velvet_0.7.53.tgz
   cd velvet_0.7.53
   make

【測試一】

velveth directory 17 -fasta -short F_reads.fasta

【結果一】

• 輸出目錄：directory
  • 輸出檔案：

    -rw-r--r-- 1 wade wade        75 2009-09-15 15:43 Log
    -rw-r--r-- 1 wade wade 240911821 2009-09-15 15:45 Roadmaps
    -rw-r--r-- 1 wade wade 434867443 2009-09-15 15:43 Sequences
    

【測試二】

需使用到【測試一】的結果。

velvetg directory -exp_cov 3 -min_contig_lgth 100

【結果二】

• 輸出目錄：directory
  • 輸出檔案：

    -rw-r--r-- 1 wade wade    327629 2009-09-15 15:40 contigs.fa
    -rw-r--r-- 1 wade wade  30665142 2009-09-15 15:40 Graph2
    -rw-r--r-- 1 wade wade  30665142 2009-09-15 15:40 LastGraph
    -rw-r--r-- 1 wade wade       245 2009-09-15 15:40 Log
    -rw-r--r-- 1 wade wade  10425143 2009-09-15 15:38 PreGraph
    -rw-r--r-- 1 wade wade   3358017 2009-09-15 15:40 stats.txt