wiki:biocluster/Velvet

Version 10 (modified by jazz, 14 years ago) (diff)

--

  1. 【Reference】
  2. 【說明】
  3. 【安裝】
  4. 【測試一】
  5. 【結果一】
  6. 【測試二】
  7. 【結果二】
  8. 套件安裝法

【Reference】

  1. ​http://www.ebi.ac.uk/~zerbino/velvet/

【說明】

【安裝】

   wget http://www.ebi.ac.uk/~zerbino/velvet/velvet_0.7.53.tgz
   tar zxvf velvet_0.7.53.tgz
   cd velvet_0.7.53
   make

【測試一】

velveth directory 17 -fasta -short F_reads.fasta

【結果一】

  • 輸出目錄：directory
    • 輸出檔案： 
      -rw-r--r-- 1 wade wade        75 2009-09-15 15:43 Log
-rw-r--r-- 1 wade wade 240911821 2009-09-15 15:45 Roadmaps
-rw-r--r-- 1 wade wade 434867443 2009-09-15 15:43 Sequences

【測試二】

需使用到【測試一】的結果。 

velvetg directory -exp_cov 3 -min_contig_lgth 100

【結果二】

  • 輸出目錄：directory
    • 輸出檔案： 
      -rw-r--r-- 1 wade wade    327629 2009-09-15 15:40 contigs.fa
-rw-r--r-- 1 wade wade  30665142 2009-09-15 15:40 Graph2
-rw-r--r-- 1 wade wade  30665142 2009-09-15 15:40 LastGraph
-rw-r--r-- 1 wade wade       245 2009-09-15 15:40 Log
-rw-r--r-- 1 wade wade  10425143 2009-09-15 15:38 PreGraph
-rw-r--r-- 1 wade wade   3358017 2009-09-15 15:40 stats.txt

套件安裝法

  • [安裝] 使用 apt-get 進行安裝 
    ~$ sudo apt-get install velvet velvet-example
  • [測試]