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Changes between Version 5 and Version 6 of jazz/11-05-04


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May 4, 2011, 2:39:45 AM (13 years ago)
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jazz
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  • jazz/11-05-04

    v5 v6  
    1616~/velvet_1.1.03$ ./velvetg output/ -exp_cov 3 -min_contig_lgth 100
    1717}}}
    18  * 使用 [http://packages.debian.org/valgrind valgrind] 來進行記憶體分析
     18 * 使用 [http://packages.debian.org/valgrind valgrind] 來進行記憶體分析 - (1) Memory Leak 分析
    1919{{{
    2020~/velvet_1.1.03$ sudo apt-get install valgrind
     21~/velvet_1.1.03$ valgrind -v --leak-check=full --show-reachable=yes --read-var-info=yes ./velveth output 17 -fasta -short data/test_long.fa 2> velveth.log
     22~/velvet_1.1.03$ valgrind -v --leak-check=full --show-reachable=yes --read-var-info=yes ./velvetg output/ -exp_cov 3 -min_contig_lgth 100 2> velvetg.log
     23}}}
     24 * 使用 [http://packages.debian.org/valgrind valgrind] 的 [http://valgrind.org/docs/manual/ms-manual.html Massif] 工具來進行記憶體分析 - (2) Memory Usage 分析
     25 * Valgrind's skin Massif ('valgrind --tool=massif application') traces memory usage of the application.[http://ktown.kde.org/~seli/memory/analysis.html 參考#1]
     26{{{
    2127~/velvet_1.1.03$ valgrind --tool=massif ./velveth output 17 -fasta -short data/test_long.fa
    2228~/velvet_1.1.03$ ms_print massif.out.10571
    2329~/velvet_1.1.03$ valgrind --tool=massif ./velvetg output/ -exp_cov 3 -min_contig_lgth 100
    2430~/velvet_1.1.03$ ms_print massif.out.10561
    25 ~/velvet_1.1.03$ valgrind -v --leak-check=full --show-reachable=yes --read-var-info=yes ./velveth output 17 -fasta -short data/test_long.fa 2> velveth.log
    26 ~/velvet_1.1.03$ valgrind -v --leak-check=full --show-reachable=yes --read-var-info=yes ./velvetg output/ -exp_cov 3 -min_contig_lgth 100 2> velvetg.log
     31}}}
     32{{{
     33--------------------------------------------------------------------------------
     34Command:            ./velveth output 17 -fasta -short data/test_long.fa
     35Massif arguments:   (none)
     36ms_print arguments: massif.out.10571
     37--------------------------------------------------------------------------------
     38
     39
     40    MB
     4166.60^                                                             @@@@@@@@@@#
     42     |        :@:::::::::@:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::@         #
     43     |        :@:::: ::::@     :       :         :                 @         #
     44     |        :@:::: ::::@     :       :         :                 @         #
     45     |        :@:::: ::::@     :       :         :                 @         #
     46     |        :@:::: ::::@     :       :         :                 @         #
     47     |        :@:::: ::::@     :       :         :                 @         #
     48     |        :@:::: ::::@     :       :         :                 @         #
     49     |        :@:::: ::::@     :       :         :                 @         #
     50     |        :@:::: ::::@     :       :         :                 @         #
     51     |        :@:::: ::::@     :       :         :                 @         #
     52     |        :@:::: ::::@     :       :         :                 @         #
     53     |        :@:::: ::::@     :       :         :                 @         #
     54     |        :@:::: ::::@     :       :         :                 @         #
     55     |        :@:::: ::::@     :       :         :                 @         #
     56     |        :@:::: ::::@     :       :         :                 @         #
     57     |        :@:::: ::::@     :       :         :                 @         #
     58     |        :@:::: ::::@     :       :         :                 @         #
     59     |        :@:::: ::::@     :       :         :                 @         #
     60     |        :@:::: ::::@     :       :         :                 @         #
     61   0 +----------------------------------------------------------------------->Mi
     62     0                                                                   120.8
     63
     64Number of snapshots: 71
     65 Detailed snapshots: [2, 4, 57, 67, 68 (peak)]
     66
     67--------------------------------------------------------------------------------
     68  n        time(i)         total(B)   useful-heap(B) extra-heap(B)    stacks(B)
     69--------------------------------------------------------------------------------
     70  0              0                0                0             0            0
     71  1        201,656           34,224           34,099           125            0
     72  2     14,964,257           33,864           33,747           117            0
    2773}}}
    2874 * 使用 gprof 進行 profile 分析