2010-01-18

• [陽明] f-motif debug
  • 原本懷疑當時有多筆輸入同時在跑，但從時間來看，近期輸入只有這三筆紀錄

    -rw-r--r--  1 www-data www-data   17K 2010-01-15 18:34 100115183405.txt
    -rw-r--r--  1 www-data www-data   17K 2010-01-16 07:49 100116074933.txt
    -rw-r--r--  1 www-data www-data   17K 2010-01-16 13:18 100116131808.txt
    

  • 針對兩筆相同輸入，卻無法正常跑出輸出的比對，在檔案大小有很大的差異

    16M     100116074933.txt
    1.3M    100116131808.txt
    

  • 再仔細觀察無法跑出結果的​輸出內容，倒數幾筆的內容，我計算了這個重複出現的 pattern 一共出現了 168,076 次（接近 17 萬次）

    .R..R.S......:26 : 53
    

  • 我的懷疑是『收斂條件』or『結束條件』沒寫好。
• [陽明] rJava 問題
  • 根據錯誤訊息，必須先跑 R CMD javareconf。跑過之後就可以正常安裝了。
  • 解法

    $ sudo R CMD javareconf
    $ echo "source(\"http://bioconductor.org/biocLite.R\")" > rJava.R
    $ echo "biocLite(\"rJava\")" >> rJava.R
    $ sudo R --no-save < rJava.R
    

• [陽明] Parallel::MPI::Simple 安裝
  • 錯誤訊息：找不到 mpi.h 當然也無法正常用 -lmpi 的方式鏈結函式庫 - 完整錯誤訊息​

    Note (probably harmless): No library found for -lmpi
    
    Simple.xs:8:18: error: mpi.h: No such file or directory
    

  • 官方解法：

    If you find you cannot build this module, or that the tests fail, you
    may be on an odd system where you need to do more than pass -lmpi to
    your C compiler to build MPI applications.  If this is the case, rerun
    perl Makefile.PL with appropriate LDFLAGS= and CCFLAGS= arguments.
    

  • 癟腳解法：
    • 進 .cpan/build/Parallel-MPI-Simple-0.03-*/ 編輯 Makefile
    • 修改 LDFLAGS 加入 -L/opt/mpich2/lib
    • 修改 CCFLAGS 加入 -I/opt/mpich2/include
    • 執行 sudo make 編譯
    • 執行 sudo make install 安裝