wiki:jazz/10-01-18

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2010-01-18

  • [陽明] f-motif debug
    • 原本懷疑當時有多筆輸入同時在跑,但從時間來看,近期輸入只有這三筆紀錄
      -rw-r--r--  1 www-data www-data   17K 2010-01-15 18:34 100115183405.txt
      -rw-r--r--  1 www-data www-data   17K 2010-01-16 07:49 100116074933.txt
      -rw-r--r--  1 www-data www-data   17K 2010-01-16 13:18 100116131808.txt
      
    • 針對兩筆相同輸入,卻無法正常跑出輸出的比對,在檔案大小有很大的差異
      jazz@drbl:~/f-motif/output$ du -sh 100116074933.txt 100116131808.txt
      16M     100116074933.txt
      1.3M    100116131808.txt
      
    • 再仔細觀察無法跑出結果的輸出內容,倒數幾筆的內容,我計算了這個重複出現的 pattern 一共出現了 168,076 次(接近 17 萬次)
      .R..R.S......:26 : 53
      
    • 我的懷疑是『收斂條件』or『結束條件』沒寫好。
  • [陽明] rJava 問題
    • 根據錯誤訊息,必須先跑 R CMD javareconf。跑過之後就可以正常安裝了。
    • 解法
      $ sudo R CMD javareconf
      $ echo "source(\"http://bioconductor.org/biocLite.R\")" > rJava.R
      $ echo "biocLite(\"rJava\")" >> rJava.R
      $ sudo R --no-save < rJava.R
      

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