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Timestamp:

Jan 18, 2010, 9:25:59 AM (15 years ago)

Author:

jazz

Comment:

--

jazz/10-01-18

@@ +1 @@
+= 2010-01-18 =
+
+ * [陽明] f-motif debug
+   * 原本懷疑當時有多筆輸入同時在跑，但從時間來看，近期輸入只有這三筆紀錄
+{{{
+-rw-r--r--  1 www-data www-data   17K 2010-01-15 18:34 100115183405.txt
+-rw-r--r--  1 www-data www-data   17K 2010-01-16 07:49 100116074933.txt
+-rw-r--r--  1 www-data www-data   17K 2010-01-16 13:18 100116131808.txt
+}}}
+   * 針對兩筆相同輸入，卻無法正常跑出輸出的比對，在檔案大小有很大的差異
+{{{
+jazz@drbl:~/f-motif/output$ du -sh 100116074933.txt 100116131808.txt
+16M     100116074933.txt
+1.3M    100116131808.txt
+}}}
+   * 再仔細觀察無法跑出結果的[http://f-motif.classcloud.org/output/100116074933.txt 輸出內容]，倒數幾筆的內容，我計算了這個重複出現的 pattern 一共出現了 168,076 次（接近 17 萬次）
+{{{
+.R..R.S......:26 : 53
+}}}
+   * 我的懷疑是『收斂條件』or『結束條件』沒寫好。
+ * [陽明] rJava 問題
+   * 根據錯誤訊息，必須先跑 R CMD javareconf。跑過之後就可以正常安裝了。
+   * 解法
+{{{
+$ sudo R CMD javareconf
+$ echo "source(\"http://bioconductor.org/biocLite.R\")" > rJava.R
+$ echo "biocLite(\"rJava\")" >> rJava.R
+$ sudo R --no-save < rJava.R
+}}}