雲端運算技術與生物資訊應用
Cloud Computing Technologies and its Bioinformatics Applications

課程資訊 Course Info.

• 上課時間： 2011/05/09 (一) ～ 2011/06/06 (一) 15:30 ～ 17:20
• Date and Time: 15:30 to 17:20, from 9 May 2011 to 6 June 2011, every Monday
• 上課地點： 陽明大學 圖資大樓 電腦教室 R401
• Location: R401 PC Room, Library and Information Building, Natioanl Yang-Ming University
• 系所公告：​http://bmi.ym.edu.tw/wp/?p=4532

課程大綱 Course Outline

時段 Date	分類 Section	課程內容 Topics	投影片 Slides	實作 Hands-On	補充資料 Notes
05/09	Introduction	- 高速運算於生物資訊之應用 - HPC for Bioinformatics - PC Cluster 101 - 平行運算程式的種類 - Parallel Programming Model	part-1 part-2	實作一
05/16	Introduction	- Cloud Computing Architecture - Introduction to Hadoop - Hadoop Distributed File System - Hands-on: HDFS commands	part-3 part-4
05/23	Hands-On	- MapReduce Algorithm - Hands-on: Running MapReduce Examples		part-4
05/30	Hands-On	- Hadoop 相關專案簡介 - Introduction to Hadoop Ecosystem - 大型網站架構與 HBase 分散式資料庫 - Large Scale Website and HBase distributed datastore - Pig 簡介 - Introduction to Pig
06/06	Hands-On	- Bioinformatics Apps using Hadoop - Hands-on: CloudBurst, Crossbow, Contrail

OpenMP

• 多核心平行化程式設計 Multi-Cores Programming
• <官網> ​OpenMP Tutorial
• <官網> ​OpenMP Exercise
• ​OpenMP Tutorial at National Energy Research Scientific Computing Center (NERSC)
• ​簡易的程式平行化方法－OpenMP（一）簡介
• ​簡易的程式平行化－OpenMP（二）語法說明
• ​簡易的程式平行化－OpenMP（三）範例 parallel、section
• ​簡易的程式平行化－OpenMP（四）範例 for
• ​簡易的程式平行化－OpenMP（五） 變數的平行化