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雲端運算技術與生物資訊應用
Cloud Computing Technologies and its Bioinformatics Applications

  1. 課程資訊 Course Info.
  2. 線上討論 Web IRC chatroom
  3. 課程大綱 Course Outline
  4. 公用環境 Public Cluster

課程資訊 Course Info.

  • 上課時間： 2011/05/09 (一) ～ 2011/06/06 (一) 15:30 ～ 17:20
  • Date and Time: 15:30 to 17:20, from 9 May 2011 to 6 June 2011, every Monday
  • 上課地點： 陽明大學 圖資大樓 電腦教室 R401
  • Location: R401 PC Room, Library and Information Building, Natioanl Yang-Ming University
  • 系所公告：​http://bmi.ym.edu.tw/wp/?p=4532

線上討論 Web IRC chatroom

課程大綱 Course Outline

時段
Date 		分類
Section 		課程內容 Topics 投影片
Slides 		實作
Hands-On 		補充資料
Notes
05/09 Introduction - 高速運算於生物資訊之應用
- HPC for Bioinformatics
- PC Cluster 101
- 平行運算程式的種類
- Parallel Programming Model 		part-1
part-2 		實作一 ​Intel 談多核心的重要性
​關於 Amdahl’s Law
05/16 Introduction - Cloud Computing Architecture
- Introduction to Hadoop
- Hadoop Distributed File System
- Hands-on: HDFS commands 		part-3
part-4 		實作二
實作三 		Hadoop 單機安裝（for Windows XP）
05/23 Hands-On - MapReduce Algorithm
- Hands-on: Running MapReduce Examples
- Hadoop 相關專案簡介
- Introduction to Hadoop Ecosystem 		part-4
part-5 		實作四
實作五
實作六 		​不同語言的 MapReduce 實作
05/30 Hands-On - 大型網站架構與 HBase 分散式資料庫
- Large Scale Website and HBase distributed datastore
- Pig 簡介
- Introduction to Pig 		part-5
part-6 		實作七
實作八
06/06 Hands-On - Bioinformatics Apps using Hadoop
- Hands-on: CloudBurst, Crossbow, Contrail

公用環境 Public Cluster

Attachments (8)