Changes between Version 1 and Version 2 of HyperTable/BioInfo_Project

Timestamp:

Apr 17, 2008, 10:44:04 AM (16 years ago)

Author:

sunny

Comment:

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HyperTable/BioInfo_Project

@@ -1 @@
-== Hypertable應用於BioInfo Project ==
+= Hypertable應用於BioInfo Project =
+
+== 背景資料 ==
  * [http://trac.nchc.org.tw/grid/wiki/BioInfo_Project 陽明生物資訊合作計畫]
+== 應用說明 ==
  * 以陽明的病人屬性分類資料為範本來建立搜尋引擎
   * 參考資料:
@@ -16 +19 @@
     如果用Primary Site為Rowkey來搜尋"Breast",搜尋結果會查出所有Primary Site為"Breast"的資料[[BR]]
    * NOTE: 交互比對的部份,Hypertable目前似乎沒提供,這個有可能要另外的程式再來處理過 
+== 資料表建置 ==
+ * 編輯資料表綱要
+{{{
+$ vim gse.hql
+CREATE TABLE GSEFamily (
+  'Sample-iid',
+  'Supplementary-Data',
+  Description
+);
+}}}
+ * 建立GSEFamily資料表
+{{{
+$ hypertable --batch < gse.hql
+}}}
+ * 透過轉檔程式產生GSEFamily.tsv
+  * [http://trac.nchc.org.tw/grid/wiki/BioInfo_Project/2008-04-10 轉檔程式](windows)
+{{{
+C:\> GSEXmlParser.exe -f tsv -i GSE2109_family.xml -o GSEFamily.tsv
+}}}
+ * 匯入資料到GSEFamily資料表
+{{{
+$ load data infile "GSEFamily.tsv" into table GSEFamily;
+}}}
+ * 以Hql Command模式登入hypertable
+{{{
+$ hypertable
+}}}
+ * 搜尋資料
+{{{
+hypertable> select * from GSEFamily;
+hypertable> select "Supplementary-Data" from GSEFamily;
+hypertable> select "Sample-iid" from GSEFamily;
+hypertable> select "Description" from GSEFamily;
+}}}
+ * 刪除資料
+{{{
+hypertable> delete * from GSEFamily where ROW="Breast";
+}}}
+
+== Hadoop整合 ==