= 2010-01-18 =

 * [陽明] f-motif debug
   * 原本懷疑當時有多筆輸入同時在跑，但從時間來看，近期輸入只有這三筆紀錄
{{{
-rw-r--r--  1 www-data www-data   17K 2010-01-15 18:34 100115183405.txt
-rw-r--r--  1 www-data www-data   17K 2010-01-16 07:49 100116074933.txt
-rw-r--r--  1 www-data www-data   17K 2010-01-16 13:18 100116131808.txt
}}}
   * 針對兩筆相同輸入，卻無法正常跑出輸出的比對，在檔案大小有很大的差異
{{{
16M     100116074933.txt
1.3M    100116131808.txt
}}}
   * 再仔細觀察無法跑出結果的[http://f-motif.classcloud.org/output/100116074933.txt 輸出內容]，倒數幾筆的內容，我計算了這個重複出現的 pattern 一共出現了 168,076 次（接近 17 萬次）
{{{
.R..R.S......:26 : 53
}}}
   * 我的懷疑是『收斂條件』or『結束條件』沒寫好。
 * [陽明] rJava 問題
   * 根據錯誤訊息，必須先跑 R CMD javareconf。跑過之後就可以正常安裝了。
   * 解法
{{{
$ sudo R CMD javareconf
$ echo "source(\"http://bioconductor.org/biocLite.R\")" > rJava.R
$ echo "biocLite(\"rJava\")" >> rJava.R
$ sudo R --no-save < rJava.R
}}}
 * [陽明] Parallel::MPI::Simple 安裝
   * 錯誤訊息：找不到 mpi.h 當然也無法正常用 -lmpi 的方式鏈結函式庫
{{{
Note (probably harmless): No library found for -lmpi

Simple.xs:8:18: error: mpi.h: No such file or directory
}}}
   * 官方解法：
{{{
If you find you cannot build this module, or that the tests fail, you
may be on an odd system where you need to do more than pass -lmpi to
your C compiler to build MPI applications.  If this is the case, rerun
perl Makefile.PL with appropriate LDFLAGS= and CCFLAGS= arguments.
}}}
   * 癟腳解法：
     * 進 .cpan/build/Parallel-MPI-Simple-0.03-*/ 編輯 Makefile
     * 修改 LDFLAGS 加入 -L/opt/mpich2/lib
     * 修改 CCFLAGS 加入 -I/opt/mpich2/include
     * 執行 sudo make 編譯
     * 執行 sudo make install 安裝