wiki:jazz/09-05-20

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2009-05-20

  • [專案] 陽明生物資訊計算叢集設定
    • 狀況：由於作業系統是在硬體 RAID 啟動狀態下安裝的，因此每當重開，系統又會回歸到原始狀態，故需要重新安裝。
    • 安裝 pre-built lustre package - ​http://www.pdsi-scidac.org/repository/debian/ 
      bio:~# echo "deb http://www.pdsi-scidac.org/repository/debian testing main" > /etc/apt/sources.list.d/lustre.list
bio:~# apt-get update
bio:~# apt-get install pdsi-scidac-keyring
bio:~# apt-get install linux-image-2.6.22.19-lustre-686 lustre-modules-2.6.22.19-lustre-686 lustre-utils
    • 安裝 firmware-bnx2 
      bio:~# apt-get install firmware-bnx2
    • 解析 firmware-bnx2 安裝前與安裝後的 initrd.img 差異 
      bio:~$ mkdir -p temp temp2
bio:~$ cd temp
bio:~/temp$ cat /boot/initrd.img-2.6.22.19-lustre-686.bak | gunzip | cpio -i
27903 block
bio:~/temp$ cd ../temp2
bio:~/temp2$ cat /boot/initrd.img-2.6.22.19-lustre-686 | gunzip | cpio -i
28313 blockss
bio:~/temp2$ cd ..
bio:~$ diff -r temp temp2
只在 temp2/lib 存在：firmware
只在 temp2/lib/udev 存在：firmware.agent
bio:~$ ls temp2/lib/firmware/
bnx2-06-4.0.5.fw  bnx2-09-4.0.5.fw
bio:~$ cat temp2/lib/udev/firmware.agent 

      #!/bin/sh -e
#
# firmware loader agent
#

cd /lib/udev/
. ./hotplug.functions

if [ ! -e /sys/$DEVPATH/loading ]; then
    mesg "/sys/$DEVPATH/ does not exist"
    exit 1
fi

for DIR in $FIRMWARE_DIRS; do
    [ -e "$DIR/$FIRMWARE" ] || continue
    echo 1 > /sys/$DEVPATH/loading
    cat "$DIR/$FIRMWARE" > /sys/$DEVPATH/data
    echo 0 > /sys/$DEVPATH/loading
    exit 0
done

# the firmware was not found
echo -1 > /sys/$DEVPATH/loading

debug_mesg "Cannot find the $FIRMWARE firmware"
exit 1
    • 其中 firmware.agent 是屬於 udev 套件 
      bio:~$ dpkg -S firmware.agent
udev: /lib/udev/firmware.agent
    • 手工打造支援 firmware-bnx 的 initrd-pxe.2.6.22.19-lustre-686.img
      • 首先要先瞭解 drblsrv-offline 所產生的 initrd-pxe.2.6.22.19-lustre-686.img 與系統產生的 initrd.img-2.6.22.19-lustre-686 有何差別 
        bio:~$ uname -a
Linux bio 2.6.22.19-lustre-686 #2 SMP Tue Aug 26 00:01:59 UTC 2008 i686 GNU/Linux
bio:~$ sudo /opt/drbl/sbin/drblsrv-offline -s `uname -r`
bio:~$ mkdir -p temp temp2
bio:~$ cd temp
bio:~/temp$ cat /boot/initrd.img-2.6.22.19-lustre-686 | gunzip | cpio -i
bio:~/temp$ cd ..
bio:~$ cd temp2/
bio:~/temp2$ cat /tftpboot/nbi_img/initrd-pxe.2.6.22.19-lustre-686.img | gunzip | sudo cpio -i
      • 光是從 diff -r temp temp2 的結果來看，兩者的差異很大。而 firmware.agent 在系統產生的 initrd.img 中，是透過 udev 的 rules 被執行的。 
        bio:~/temp$ grep firmware.agent * -r --color
etc/udev/rules.d/80-drivers.rules:SUBSYSTEM=="firmware",				RUN+="firmware.agent"
      • 從以上資訊，大致上可以猜出為什麼使用 DRBL 產生的 initrd-pxe.img 會無法取得 firmware，因為 bnx2 這個核心模組並不會自動去檔案系統裡去找 /lib/firmware 裡有沒有需要的檔案。而是透過 udev 去執行 firmware.agent 把 /lib/firmware 裡的檔案塞到 /sys/$DEVPATH/data 去。因此如果要讓 initrd-pxe.img 也支援這樣的機制，有兩種作法，第一種 initrd-pxe.img 全面改用 udev，第二種是自己補拷貝 /sys/$DEVPATH/data 那一段。
      • 附帶值得一提的是我在 Debian Lenny 的 2.6.26-2-amd64 核心模組上看到 firmware-class 這個奇特的模組。看樣子 Linux 核心對於這些非公開的韌體處理方式目前仍處於混亂的局面。 
        jazz@hadoop:~$ lsb_release -a
No LSB modules are available.
Distributor ID:	Debian
Description:	Debian GNU/Linux 5.0.1 (lenny)
Release:	5.0.1
Codename:	lenny
jazz@hadoop:~$ uname -a
Linux hadoop 2.6.26-2-amd64 #1 SMP Fri Mar 27 04:02:59 UTC 2009 x86_64 GNU/Linux
jazz@hadoop:~$ lsmod | grep bnx2
bnx2                   63496  0 
firmware_class         12544  1 bnx2
jazz@hadoop:~$ sudo modinfo firmware_class
[sudo] password for jazz: 
filename:       /lib/modules/2.6.26-2-amd64/kernel/drivers/base/firmware_class.ko
license:        GPL
description:    Multi purpose firmware loading support
author:         Manuel Estrada Sainz
depends:        
vermagic:       2.6.26-2-amd64 SMP mod_unload modversions
      • 關於 bnx2 到底怎麼知道自己需要的韌體檔案呢?? 答案藏在 modinfo 裡，有 firmware 的參數會紀錄相關資訊。 
        jazz@hadoop:~$ sudo modinfo bnx2
filename:       /lib/modules/2.6.26-2-amd64/kernel/drivers/net/bnx2.ko
firmware:       bnx2-09-4.0.5.fw
firmware:       bnx2-06-4.0.5.fw
version:        1.7.5
license:        GPL
description:    Broadcom NetXtreme II BCM5706/5708 Driver
author:         Michael Chan <mchan@broadcom.com>
srcversion:     AA4F7411285F32C5C55775A
alias:          pci:v000014E4d0000163Asv*sd*bc*sc*i*
alias:          pci:v000014E4d00001639sv*sd*bc*sc*i*
alias:          pci:v000014E4d000016ACsv*sd*bc*sc*i*
alias:          pci:v000014E4d000016AAsv*sd*bc*sc*i*
alias:          pci:v000014E4d000016AAsv0000103Csd00003102bc*sc*i*
alias:          pci:v000014E4d0000164Csv*sd*bc*sc*i*
alias:          pci:v000014E4d0000164Asv*sd*bc*sc*i*
alias:          pci:v000014E4d0000164Asv0000103Csd00003106bc*sc*i*
alias:          pci:v000014E4d0000164Asv0000103Csd00003101bc*sc*i*
depends:        firmware_class
vermagic:       2.6.26-2-amd64 SMP mod_unload modversions 
parm:           disable_msi:Disable Message Signaled Interrupt (MSI) (int)
    • [想法] 在 firemware.agent 裡加入 debug_msg 看執行的實際時機跟路徑，就可以瞭解它是怎麼餵 firmware 檔案給 bnx2 模組。
    • [機制] 要追蹤核心開機資訊，可以查 /var/log/kern.log 。先決條件是有打開 rsyslogd
      • 修改前的 kern.log 
        May 20 21:05:49 bio kernel: [    3.846723] Broadcom NetXtreme II Gigabit Ethernet Driver bnx2 v1.7.5 (April 29, 2008)
May 20 21:05:49 bio kernel: [    3.846723] ACPI: PCI Interrupt 0000:39:02.0[A] -> GSI 18 (level, low) -> IRQ 18
May 20 21:05:49 bio kernel: [    3.846723] firmware: requesting bnx2-06-4.0.5.fw
May 20 21:05:49 bio kernel: [    4.054384] eth0: Broadcom NetXtreme II BCM5706 1000Base-T (A2) PCI-X 64-bit 100MHz found at mem e2000000, IRQ 18, node addr 00:1a:64:60:25:b2
May 20 21:05:49 bio kernel: [    4.054384] sata_svw 0000:38:0e.0: version 2.3
May 20 21:05:49 bio kernel: [    4.055558] ACPI: PCI Interrupt 0000:39:03.0[A] -> <6>ACPI: PCI Interrupt 0000:38:0e.0[A] -> GSI 10 (level, low) -> IRQ 10
May 20 21:05:49 bio kernel: [    4.055558] GSI 17 (level, low) -> IRQ 17
May 20 21:05:49 bio kernel: [    4.055558] firmware: requesting bnx2-06-4.0.5.fw
    • [改法] 在 firmware.agent 裡加進 DEBUG 資訊

      • firmware.agent

        old new  
        1212fi
        1313
        1414for DIR in $FIRMWARE_DIRS; do
         15    mesg "[DEBUG] FIRMWARE_DIRS = $FIRMWARE_DIRS"
        1516    [ -e "$DIR/$FIRMWARE" ] || continue
         17    mesg "[DEBUG] firmware = $DIR/$FIRMWARE"
         18    mesg "[DEBUG] echo 1 > /sys/$DEVPATH/loading"
        1619    echo 1 > /sys/$DEVPATH/loading
         20    mesg "[DEBUG] cat "$DIR/$FIRMWARE" > /sys/$DEVPATH/data"
        1721    cat "$DIR/$FIRMWARE" > /sys/$DEVPATH/data
         22    mesg "[DEBUG] echo 0 > /sys/$DEVPATH/loading"
        1823    echo 0 > /sys/$DEVPATH/loading
        1924    exit 0
        2025done
    • [結果] 耍寶了!! 2.6.22 的核心模組根本就不會要 firmware :( 
      jazz@bio:~$ sudo modinfo bnx2
[sudo] password for jazz: 
filename:       /lib/modules/2.6.22.19-lustre-686/kernel/drivers/net/bnx2.ko
version:        1.5.11
license:        GPL
description:    Broadcom NetXtreme II BCM5706/5708 Driver
author:         Michael Chan <mchan@broadcom.com>
srcversion:     31FD34F2725D1F250205072
alias:          pci:v000014E4d0000163Asv*sd*bc*sc*i*
alias:          pci:v000014E4d00001639sv*sd*bc*sc*i*
alias:          pci:v000014E4d000016ACsv*sd*bc*sc*i*
alias:          pci:v000014E4d000016AAsv*sd*bc*sc*i*
alias:          pci:v000014E4d000016AAsv0000103Csd00003102bc*sc*i*
alias:          pci:v000014E4d0000164Csv*sd*bc*sc*i*
alias:          pci:v000014E4d0 000164Asv*sd*bc*sc*i*
alias:          pci:v000014E4d0000164Asv0000103Csd00003106bc*sc*i*
alias:          pci:v000014E4d0000164Asv0000103Csd00003101bc*sc*i*
depends:        
vermagic:       2.6.22.19-lustre-686 SMP mod_unload K7 
parm:           disable_msi:Disable Message Signaled Interrupt (MSI) (int)
    • 測試 Lustre - 參考 3D 果蠅腦實驗叢集 Lustre 效能測試安裝紀錄（by rider/rock)
      • 把 DRBL Server 當 MDT 與 MGS，並拿第二顆硬碟當 Metadata 存放的空間。 
        bio:~$ sudo mkfs.lustre --fsname=bio --mdt --mgs /dev/sdb1
bio:~$ sudo mkdir -p /mnt/mdt
bio:~$ sudo mount -t lustre /dev/sdb1 /mnt/mdt/
      • 把 DRBL Client 當 OST，並把兩顆硬碟都貢獻出來當儲存空間。 
        bio102:~$ sudo mkfs.lustre --fsname=bio --ost  --mgsnode=bio@tcp0 /dev/sda
bio102:~$ sudo mkfs.lustre --fsname=bio --ost  --mgsnode=bio@tcp0 /dev/sdb
bio103:~$ sudo mkfs.lustre --fsname=bio --ost  --mgsnode=bio@tcp0 /dev/sda
bio103:~$ sudo mkfs.lustre --fsname=bio --ost  --mgsnode=bio@tcp0 /dev/sdb
bio104:~$ sudo mkfs.lustre --fsname=bio --ost  --mgsnode=bio@tcp0 /dev/sda
bio104:~$ sudo mkfs.lustre --fsname=bio --ost  --mgsnode=bio@tcp0 /dev/sdb
bio105:~$ sudo mkfs.lustre --fsname=bio --ost  --mgsnode=bio@tcp0 /dev/sda
bio105:~$ sudo mkfs.lustre --fsname=bio --ost  --mgsnode=bio@tcp0 /dev/sdb

bio102:~$ sudo mkdir -p /mnt/ost/
bio103:~$ sudo mkdir -p /mnt/ost/
bio104:~$ sudo mkdir -p /mnt/ost/
bio105:~$ sudo mkdir -p /mnt/ost/

bio102:~$ sudo mount -t