[[PageOutline]]

= 【Schedular】 =

 1. 2009-09-09 測試資料。
 1. 2009-09-04 15:30 跟陽明視訊開會。
 1. 2009-09-11 第一階段軟體安裝。
 1. 2009-09-16 系統測試、種子學員~[wiki:biocluster/教學大綱 教學大綱]。
 1. 2009-11-11 openPBS torque ~[wiki:wade/torque/教學 教學大綱]。
 1. 2010-05-17 [wiki:jazz/10-05-17 bio2 叢集設定]

= 【Environment】 =

 * OS:Ubuntu 8.04.3 LTS

= 【Software list】 =

== PART 1 : Bioinformatics related Software / Applications ==

 1. [wiki:biocluster/AutoFACT AutoFACT]
    * 缺資料庫。
 1. [wiki:biocluster/BLAST BLAST]
    * 測試完成。已安裝版本：1:2.2.17.20070822-3。
 1. [wiki:biocluster/SIM4 SIM4]
    * 測試完成。
 1. [wiki:biocluster/Clustal Clustal]
    * 測試完成。
 1. [wiki:biocluster/PipMaker PipMaker]
    * 已安裝。
 1. [wiki:biocluster/Phylip Phylip]
    * 測試完成。
 1. [wiki:biocluster/Velvet Velvet]
    * 測試完成。
 1. [wiki:biocluster/Bowtie Bowtie] 
    * 測試完成。
 1. [wiki:biocluster/SOAP SOAP] 
    * 測試完成。
 1. [wiki:biocluster/wwwblast wwwBLAST]

== PART 2 : Cluster Management related Software ==

 1. OpenPBS : [wiki:wade/torque torque]  - Ubuntu 套件: 
   * [http://www.clusterresources.com/torquedocs21/index.shtml TORQUE Admin Manual]
   * 不希望使用者直接到 compute node 執行動作，先前民哥建議的做法是參考 [http://www.mcs.anl.gov/research/projects/openpbs/patches/pbs_enforce/README_PBS_prologue_epilogue.txt prologue and epilogue for PBS - using PAM to enforce PBS node assignments]，這個作法在 Torque 可能要研究一下[http://www.clusterresources.com/torquedocs21/a.gprologueepilogue.shtml 管理手冊 附錄 G Prologue & Epilogue Scripts]。
 1. [http://drbl.nchc.org.tw DRBL] - 無碟開機系統
 1. [http://www.lustre.org Lustre] - 硬碟合併機制
 1. [wiki:jazz/drbl-ganglia Ganglia] - 叢集監控系統(CPU/RAM/DISK/排程) - Debian 套件: [http://packages.debian.org/ganglia-monitor ganglia-monitor], [http://packages.debian.org/gmetad gmetad], [http://packages.debian.org/ganglia-webfrontend ganglia-webfrontend]
 1. [http://www.nagios.org Nagios] - 網路狀態監控與事件通報系統(Ex.發簡訊SMS) - Debian 套件: [http://packages.debian.org/nagios3 nagios3]
   * [http://collectd.org/ collectd] - 可以跟 Nagios 結合的本機監控軟體 - Debian 套件: [http://packages.debian.org/collectd collectd]
   * [http://lefant.net/files/var/collectd_and_nagios/ scalable monitoring with collectd and nagios]
   * [http://www.kitchensoap.com/2007/09/26/the-term-monitoring-needs-clarification/ The term “monitoring” needs clarification] - 確實監控分成很多種，這篇文章列舉了三種不同監控的定義
 1. VNC - 遠端桌面 - 需要 [http://packages.debian.org/vnc-java vnc-java], [http://vnc-reflector.sf.net vnc-reflector], some kind of message queue (MQ)
 1. [wiki:jazz/drbl-ldap LDAP] - 統一帳號管理機制
   * [http://technet.microsoft.com/zh-tw/magazine/2008.12.linux.aspx 使用 Active Directory 對 Linux 用戶端進行身份驗證]
   * [http://adldap.sourceforge.net/ adLDAP] - LDAP Authentication with PHP for Active  Directory - LGPL 授權 PHP AD 整合函式庫 (參考以前當 maicl 顧問的 code @ sensor)
 1. Web Server - [http://packages.debian.org/lighttpd lighttpd] 或 [http://packages.debian.org/apache2 apache2]
 1. zterm - Java SSH Client

= 【Database list】 =

 1.	Human dbEST database
 2.	Human !UniGene database
 3.	Protein interaction database
 4.	Gene ontology database
 5.	Homologene database

= 【Reference】 =

 * http://www.bioinformatics.org/
 * http://biowulf.nih.gov/

 * http://www.biosino.org/~gwding/R/R-Learn/ - 一些 R 語言的學習資源 (簡體)

= 【Cloud Computing Related】 =

 * [http://sourceforge.net/projects/cloudburst-bio/ CloudBurst] - a parallel read-mapping algorithm optimized for mapping next-generation sequence data to the human genome and other reference genomes, for use in a variety of biological analyses including SNP discovery, genotyping, and personal genomics. 

= 【Recent Changes】 =

[[RecentChanges(biocluster)]]