[[PageOutline]] = 【Schedular】 = 1. 2009-09-09 測試資料。 1. 2009-09-04 15:30 跟陽明視訊開會。 1. 2009-09-11 第一階段軟體安裝。 1. 2009-09-16 系統測試、種子學員∼[wiki:biocluster/教學大綱 教學大綱]。 1. 2009-XX-XX openPBS torque 教學。 = 【Environment】 = * OS:Ubuntu 8.04.3 LTS = 【Software list】 = == PART 1 : Bioinformatics related Software / Applications == 1. [wiki:biocluster/AutoFACT AutoFACT] * 缺資料庫。 1. [wiki:biocluster/BLAST BLAST] * 測試完成。已安裝版本:1:2.2.17.20070822-3。 1. [wiki:biocluster/SIM4 SIM4] * 測試完成。 1. [wiki:biocluster/Clustal Clustal] * 測試完成。 1. [wiki:biocluster/PipMaker PipMaker] * 已安裝。 1. [wiki:biocluster/Phylip Phylip] * 測試完成。 1. [wiki:biocluster/Eland Eland] * 未找到安裝資訊。 1. [wiki:biocluster/Velvet Velvet] * 測試完成。 1. [wiki:biocluster/Bowtie Bowtie] * 測試完成。 1. [wiki:biocluster/SOAP SOAP] * 測試完成。 == PART 2 : Cluster Management related Software == 1. OpenPBS : [wiki:wade/torque torque] - Ubuntu 套件: 1. [http://drbl.nchc.org.tw DRBL] - 無碟開機系統 1. [http://www.lustre.org Lustre] - 硬碟合併機制 1. [wiki:jazz/drbl-ganglia Ganglia] - 叢集監控系統(CPU/RAM/DISK/排程) - Debian 套件: [http://packages.debian.org/ganglia-monitor ganglia-monitor], [http://packages.debian.org/gmetad gmetad], [http://packages.debian.org/ganglia-webfrontend ganglia-webfrontend] 1. [http://www.nagios.org Nagios] - 網路狀態監控與事件通報系統(Ex.發簡訊SMS) - Debian 套件: [http://packages.debian.org/nagios3 nagios3] 1. VNC - 遠端桌面 - 需要 [http://packages.debian.org/vnc-java vnc-java], [http://vnc-reflector.sf.net vnc-reflector], some kind of message queue (MQ) 1. [wiki:jazz/drbl-ldap LDAP] - 統一帳號管理機制 1. Web Server - [http://packages.debian.org/lighttpd lighttpd] 或 [http://packages.debian.org/apache2 apache2] 1. zterm - Java SSH Client = 【Database list】 = 1. Human dbEST database 2. Human !UniGene database 3. Protein interaction database 4. Gene ontology database 5. Homologene database = 【Reference】 = * http://www.bioinformatics.org/ * http://biowulf.nih.gov/ = 【Recent Changes】 = [[RecentChanges(biocluster)]]