[[PageOutline]]

= 【Reference】 =

 1. http://www.ebi.ac.uk/~zerbino/velvet/

= 【說明】 =

= 【安裝】 =
{{{
   wget http://www.ebi.ac.uk/~zerbino/velvet/velvet_0.7.53.tgz
   tar zxvf velvet_0.7.53.tgz
   cd velvet_0.7.53
   make
}}}

= 【測試一】 =
{{{
velveth directory 17 -fasta -short F_reads.fasta
}}}

= 【結果一】 =
 * 輸出目錄：directory
   * 輸出檔案：
     {{{
-rw-r--r-- 1 wade wade        75 2009-09-15 15:43 Log
-rw-r--r-- 1 wade wade 240911821 2009-09-15 15:45 Roadmaps
-rw-r--r-- 1 wade wade 434867443 2009-09-15 15:43 Sequences
     }}}

= 【測試二】 =
需使用到【測試一】的結果。
{{{
velvetg directory -exp_cov 3 -min_contig_lgth 100
}}}

= 【結果二】 =
 * 輸出目錄：directory
   * 輸出檔案：
     {{{
-rw-r--r-- 1 wade wade    327629 2009-09-15 15:40 contigs.fa
-rw-r--r-- 1 wade wade  30665142 2009-09-15 15:40 Graph2
-rw-r--r-- 1 wade wade  30665142 2009-09-15 15:40 LastGraph
-rw-r--r-- 1 wade wade       245 2009-09-15 15:40 Log
-rw-r--r-- 1 wade wade  10425143 2009-09-15 15:38 PreGraph
-rw-r--r-- 1 wade wade   3358017 2009-09-15 15:40 stats.txt
     }}}

= 套件安裝法 =

 * [http://packages.debian.org/velvet Debian 從 Squeez(6.0) 以後有 velvet 的套件]
 * [http://packages.ubuntu.com/velvet Ubuntu 從 Karmic(9.04) 以後有 velvet 的套件]

 * [安裝] 使用 apt-get 進行安裝
{{{
~$ sudo apt-get install velvet velvet-example
}}}

 * [測試]