Changeset 29


Ignore:
Timestamp:
Apr 17, 2008, 2:04:16 PM (17 years ago)
Author:
sunny
Message:
  1. add -f flag for xml and tsv file type
  2. output tsv file format
Location:
GSEXmlParser
Files:
1 added
3 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • GSEXmlParser/GSEXmlParser.cpp

    r26 r29  
    2424                     XmlTag("Descriptions") (descs)
    2525                 );
     26}
     27
     28String Data::ToTSV()
     29{
     30  String tsv, tab, nl;
     31  tab = "\t";
     32  nl = "\n";
     33  tsv = source + tab + "Sample-iid" + tab + iid + nl +
     34        source + tab + "Supplementary-Data:" + supp_type + tab + supp_data + nl;
     35  for(int i = 0; i < desc.GetCount(); i++)     
     36      tsv += source + tab + "Description:" + desc.GetKey(i) + tab + desc[i] + nl;
     37       
     38  return tsv;
    2639}
    2740
     
    91104}
    92105
     106String   GSEParser::ToTSV()
     107{
     108  String tsv, tab;
     109  tab = "\t";
     110  tsv = "# rowkey" + tab + "columnkey" + tab + "value\n";
     111  for (int i = 0; i < data.GetCount(); i++) {
     112    tsv << data[i].ToTSV();
     113  }
     114  return tsv;
     115}
     116
    93117String TrimSpace(String str) {
    94118  while (str.StartsWith(" ") && str.GetLength()) {
     
    103127CONSOLE_APP_MAIN
    104128{
    105   String in, out, arg_flag;
     129  String in, out, fmt, arg_flag;
     130  /*
    106131  in = "GSE2109_family.xml";
    107   out = "GSEFamily.xml";
    108  
     132  out = "GSEFamily.tsv";
     133  fmt = "tsv";
     134  */
    109135  const Vector<String>& cmdline = CommandLine();
     136   
    110137  for(int i = 0; i < cmdline.GetCount(); i++) {
    111138    if (cmdline[i].StartsWith("-")){
    112139      arg_flag = cmdline[i];     
    113140    } else if (arg_flag.IsEqual("-i")) {
    114       in = cmdline[i];
    115       //Cout() << "in: " << in << "\n";
     141      in = cmdline[i];   
    116142    } else if (arg_flag.IsEqual("-o")) {
    117       out = cmdline[i];
    118       //Cout() << "out: " << out << "\n";
     143      out = cmdline[i];     
     144    } else if (arg_flag.IsEqual("-f")) {
     145      fmt = cmdline[i];
     146    } else if (arg_flag.StartsWith("-")) {
     147      //Error argument
     148      Cout() << "Usage Error: invalid argument "<< arg_flag << "\n";
     149      exit(0);
    119150    }
     151  }
     152 
     153  if (cmdline.GetCount()==0 || in.IsEmpty() || out.IsEmpty() || fmt.IsEmpty()) {
     154    Cout() << "Usage: GSEXmlParser.exe -f (xml|tsv) -i (input file) -o (output file)\n";
     155    exit(0); 
    120156  }
    121157 
    122158  GSEParser parser;
    123159  parser.LoadXML(in);
    124   SaveFile(out,parser.ToXML());
     160  if (fmt.IsEqual("xml"))
     161    SaveFile(out,parser.ToXML());
     162  else if (fmt.IsEqual("tsv"))  {
     163    SaveFile(out,parser.ToTSV());
     164  }
     165 
     166 
    125167 
    126168}
  • GSEXmlParser/GSEXmlParser.h

    r26 r29  
    1717    String                    supp_data; //Supplementary-Data
    1818    void   Dump();
    19     String   ToXML();     
     19    String   ToXML();
     20    String   ToTSV();     
    2021};
    2122
     
    2425  void     Dump();
    2526    String   ToXML();
     27    String   ToTSV();
    2628    void     LoadXML(String filename); 
    2729};
  • GSEXmlParser/GSEXmlParser.upp

    r26 r29  
     1optimize_speed;
     2
    13uses
    24  Core;
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.